Do hrnce nalijeme vodu, osolíme a přivedeme k varu. Když je voda vařící, ponoříme do ní těstoviny a uvaříme doměkka. Potom je scedíme, opláchneme pod studenou tekoucí vodou a necháme okapat. Rajčata nastrouháme na silnějším struhadle do misky.
Ve větší pánvi rozpálíme olej, osmahneme drobně nakrájenou cibuli. Přidáme mleté maso, které vidličkou dobře promícháme, aby se při smažení nespojilo. Vmícháme připravená rajčata, rajčatový protlak, nastrouhaný muškátový oříšek, podle chuti osolíme, opepříme, dochutíme cukrem. Všechny suroviny zalijeme vodou a na mírném ohni, za občasného míchání a pod poklici vaříme přibližně 20 minut. Směs musí po vaření zůstat hustá a nemůže obsahovat vodu. Stáhneme ze sporáku a necháme vychladnout.
Bešamelová omáčka: V hrnci zahřejeme máslo, přisypeme mouku a stálým mícháním smažíme přibližně 4 minuty. Opět za stálého míchání přilijeme mléko, dobře rozšleháme, aby nezůstaly hrudky a vše přivedeme k varu. Omáčku vaříme dále na mírném ohni až do zahoustnutí. Hustou omáčku stáhneme z ohně, vmícháme čtyři žloutky, dobře promícháme. Podle chuti osolíme, opepříme, přidáme jemně nastrouhaný muškátový oříšek a zase dobře promícháme.
Připravenou masovou směs smícháme s okapanými těstovinami. Směs rozložíme na olejem vymazaný plech. Zalijeme bešamelovou omáčkou, posypeme nastrouhaným sýrem. Naplněný plech vložíme do trouby, kde pečeme pokrm přibližně 50 minut.
Hotové pastitzio vytáhneme z trouby, přikryté necháme 10 minut odpočinout a potom nakrájíme na porce.